黑渊实验室被摧毁、暗煞伏诛后的三个月，百域联盟正式激活“上古技术监管体系”。在宇宙中枢塔旁新建的“上古技术文档馆”中，来自112个界域的代表共同签署《上古技术使用公约》，约定所有上古遗迹的探索需由联盟统一审批，技术资料由“监管组”集中保管，任何界域不得私自研究或滥用上古技术。蓝星文明贡献出“科技加密系统”，灵脉古族则用灵脉之力构建防护阵，双重保障让文档馆成为宇宙中最安全的技术宝库。
林辰作为联盟的内核守护者，每日除了值守宇宙中枢塔，还会前往文档馆参与技术审核。这日午后，文档馆的“灵脉监测仪”突然发出警报——馆内保存的“上古灵脉内核样本”出现异常波动，样本表面的灵脉纹路与宇宙灵核的共振频率逐渐偏离，甚至开始散发出微弱的“本源排斥”气息。
“灵脉内核样本是从哪里采集的？”林辰立刻召集监管组成员查看样本记录。灵渊翻阅文档后，脸色凝重：“这是半年前从‘本源星域’采集的样本——本源星域是宇宙灵核的‘能量发源地’，那里的灵脉直接源自宇宙本源，若样本出现异常，很可能意味着本源星域的灵脉正在失衡！”
灵玄通过时空之力追朔样本的本源波动，发现波动源头的异常已扩散至本源星域的“灵核泉眼”——那是宇宙灵核向各界域输送能量的内核节点，若泉眼出现问题，整个宇宙灵脉网络的能量供应都会受到影响。
“必须立刻前往本源星域探查！”林辰做出决定，组建“本源溯源队”，成员包括灵玄、灵渊、蓝泽、绿禾与雷诺。众人乘坐融合了上古技术与蓝星科技的“本源探索舰”，通过枢钮传送站快速抵达本源星域。
本源星域的景象与其他星域截然不同——这里没有星辰，只有一片由宇宙本源之力凝聚的“淡金色星云”，星云中央的灵核泉眼如同巨大的喷泉，不断喷涌着滋养宇宙的灵脉能量。可当溯源队靠近时，却发现泉眼的喷涌量明显减少，周围的星云也出现了灰黑色的“本源裂痕”，裂痕中渗出的能量，正是导致样本异常的“本源排斥力”。
“本源裂痕在不断扩大！”蓝泽用科技扫描仪检测后，声音带着震惊，“裂痕中的排斥力能直接吞噬灵脉能量，按这个速度，不出一个月，灵核泉眼就会彻底停止喷涌，宇宙灵脉网络将陷入能量枯竭！”
绿禾尝试用自然灵术修复裂痕，可她的灵术刚接触裂痕，就被排斥力反弹，甚至被吞噬了部分灵力：“这种排斥力与宇宙本源之力属性相反，象是‘逆本源之力’，普通的修复手段根本无效！”
灵渊取出灵脉古族的《本源秘典》，在书中找到关于逆本源之力的记载：“逆本源之力是宇宙诞生时‘本源对立能量’的残留，上古时期曾因‘本源碰撞’被封印在宇宙边缘的‘逆源深渊’。如今逆本源之力复苏，很可能是逆源深渊的封印出现了裂痕！”
众人商议后决定，兵分两路——林辰、灵玄、灵渊前往逆源深渊修复封印；蓝泽与绿禾留在本源星域，用科技与自然灵术暂时加固灵核泉眼，延缓本源裂痕的扩大；雷诺则调动星界舰队，在本源星域外围创建防线，防止逆本源之力扩散至其他界域。
本源探索舰驶入逆源深渊时，周围的景象变得极其黑暗。深渊中没有任何灵脉波动，只有逆本源之力形成的“黑色旋涡”在不断旋转，旋涡中央隐约可见一道泛着紫色光芒的“封印裂缝”，逆本源之力正从裂缝中源源不断地涌出。
“封印裂缝比我们想象的更大！”灵玄释放时空之力探查后，“裂缝周围的逆本源之力极其浓郁，我们必须先构建‘本源防护阵’，才能靠近封印。”
林辰、灵玄、灵渊同时释放力量——宇宙本源之力、时空之力与灵脉本源之力交织成一道三色防护阵，将探索舰包裹其中。当舰船靠近封印裂缝时，旋涡突然爆发能量，无数黑色的“逆本源触手”向舰船袭来，试图撕裂防护阵。
“用本源之力反击！”林辰大喊，将星穹令嵌入防护阵内核，阵中爆发出刺眼的淡金色光芒，光芒所过之处，逆本源触手纷纷消散。灵玄则趁机用时空之力将舰船传送到封印裂缝旁，灵渊立刻取出“本源封印石”——这是用宇宙灵核碎片炼制的特殊石材，能暂时修补封印裂缝。
就在灵渊准备将封印石嵌入裂缝时，裂缝中突然传来一道低沉的嘶吼，一只由逆本源之力凝聚的“逆源巨兽”从裂缝中冲出。巨兽的身体覆盖着黑色鳞片，双眼泛着紫色光芒，口中喷出的逆本源之火能直接融化灵脉晶石，防护阵在火焰的攻击下剧烈摇晃，随时可能破碎。
“必须先消灭逆源巨兽！”林辰周身宇宙本源之力暴涨，七彩长剑的光芒变得更加璀灿，径直向巨兽的头颅刺去。灵玄则用时空之力凝聚成无数光刃，攻击巨兽的四肢；灵渊的灵脉之力形成光矛，瞄准巨兽的心脏——三者合力，形成一道三色光柱，直刺巨兽的要害。
逆源巨兽发出震天的嘶吼，用爪子挡住光柱，逆本源之火与光柱碰撞，产生剧烈的爆炸。林辰三人被爆炸的冲击力震飞，嘴角渗出鲜血，防护阵